Daerah hukum Pengadilan Negeri Limboto meliputi 2 (dua) wilayah Kabupaten yaitu Kabupaten Gorontalo dan Kabupaten Gorontalo Utara. Kedua Kabupaten ini termasuk dalam daerah Provinsi Gorontalo.

Kabupaten Gorontalo dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 29 Tahun 1959 (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1959 Nomor 74, Tambahan lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 1822); dan mengalami pemekaran menjadi Kabupaten Boalemo pada Tahun 1999 dengan Undangundang Nomor 50 Tahun 1999. Pada Tahun 2003 Kabupaten Gorontalo mengalami pemekaran kembali menjadi Kabupaten Bone Bolango dengan Undang-undang Nomor 6 Tahun 2003, terakhir pada tahun 2007 Kabupaten Gorontalo mengalami pemekaran menjadi Kabupaten Gorontalo Utara dengan undang-undang nomor 11 tahun 2007. Berdasarkan pemekaran daerah kabupaten ini, maka Pengadilan Negeri Limboto juga telah 2 kali dilakukan pemisahan perkara berdasarkan wilayah hukum masing-masing daerah, yaitu Pengadilan Negeri Tilamuta untuk menangangi perkara dalam wilayah kabupaten Boalemo yang berdiri pada tahun 2003 serta Pengadilan Negeri Marisa untuk menangangi perkara dalam wilayah kabupaten Pohuwato yang diresmikan pada tahun 2009

Pengadilan Negeri Limboto, berdiri sejak tanggal 18 April 1978. Saat itu Pengadilan Negeri Limboto masuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Sulawesi Utara serta masih berada dalam naungan Departemen Kehakiman Republik Indonesia.

Gedung Pengadilan Negeri Limboto di bangun pada bulan Februari 1980 di atas tanah seluas 624 m dengan bentuk bangunan berlantai dua. Gedung tersebut diresmikan oleh Direktur Jenderal Pembinaan Badan Peradilan Umum Departemen Kehakiman R. Soeroto, SH. pada tanggal 18 September 1980. Sebelumnya, gedung Pengadilan Negeri Limboto masih menempati gedung Pemerintah Daerah Kabupaten gorontalo, yang saat ini dijadikan Gedung DPRD Kabupaten Gorontalo.

Pengadilan Negeri Limboto diresmikan menjadi Pengadilan Negeri Kelas I B pada ranggal 28 Februari 2005 oleh Ketua Mahkamah Agung RI Prof. Dr. H. Bagir Manan, SH. MCL.